A primeira Igreja Matriz de Ubatuba, dedicada a N.S. da Conceição, localizava-se onde hoje se encontra o cruzamento das ruas Conceição e Salvador Corrêa, correspondendo aos fundos da Câmara Municipal. Como aquele templo devia ser de reduzidas dimensões e achar-se em mau estado de conservação, providenciou-se a construção de uma nova Igreja Matriz, a atual, em melhor localização, de maiores dimensões e nova arquitetura.
Isso se deu na segunda metade do século XVIII ( 1700 ). De fato em ofício de 09 de Março de 1700, o secretário do governo da então Província de São Paulo, dirigiu-se ao Capitão Mór da Vila de Ubatuba, autorizando-o “a cobrar subsídios para a construção da nova Matriz” ( Apontamento do arquivo do Estado ).
Em 20 de junho de 1834, a Câmara Ubatubense solicitou do governo da Província, providências em favor daquelas obras. Novamente em 10 de janeiro de 1835 a Câmara dirigiu-se ao mesmo solicitando providências para “ereção” ou mesmo a reedificação da Matriz, da qual só existe a Capela-Mór”.
De quanto acima, vê-se que em 1835 a Matriz estava ainda em início de construção, as obras prosseguindo em moroso andamento, enfrentando as dificuldades da época e a grandiosidade do templo.
Nesse andamento, em 1866 foi acabada a fachada, como se pode conferir no alto da porta principal, num gradil de ferro. No princípio deste século somos testemunhas – a nave apresentava acabamento razoável, enquanto da Capela-Mór só existia o arcabouço: paredes e telhado, sem rebouco nas paredes, sem forro, o piso era chão bruto.
São conhecidas algumas fotografias do fim do século passado nas quais se vê a Igreja totalmente erguida, mas sem as torres, ostentando apenas um lucernário sobre a Capela-Mór, onde certamente estariam os sinos. Atualmente a Igreja tem uma torre: uma apenas que lhe dá a característica de inacabada. Por informação de pessoa vivida nos fins do século passado, ficamos sabendo que esta torre foi construída entre os de 1885-90. Na torre havia um relógio de amplas dimensões que por muitos anos marcou a hora oficial cidade. (Foi há pouco substituído por outro de idênticas dimensões, atualmente inativo).
Contudo a Matriz continuava necessitando de obras para a sua conclusão. Até 1913 muita coisa estava ainda por fazer: exteriormente apenas a fachada era rebocada, todo o restante, isto é, toda a nave e a Capela-Mór permaneciam sem revestimento. A Capela-Mór não era usada por não ser rebocada no exterior e interiormente; servia apenas para depósito de material bruto por aproveitar.
O Altar-Mór, muito alto mas muito simples, tinha forma de escada piramidal e estava posto na nave, junto a parede que a separava da Capela-Mór. Em 1913 o Pe. Paschoal reale, não podendo restaurar também a Igreja do Rosário que existia na atual Praça Nossa Senhora da Paz, demoliu-a e com o material aproveitável e auxílios angariados, fez rebocar, forrar e dotar de piso a Capela-Mór e transferiu para lá o Alta-Mór.
Em 1915 o Pe. Reale, mais uma vez aproveitando peças dos antigos altares da demolida Igreja do Rosário, fez construir o Altar-Mór, onde as peças novas se podem ver, colunas e molduras em outro estilo. Em 1929 se fez o reboco externo da nave.
Em 1940 o Pe. Hans Beil, o padre João como era conhecido, pretendendo substituir o velho assoalho de madeira por piso de ladrilho, ele mesmo arrancou as largas e pesadas tábuas já apodrecidas, deixando a nave em pleno areal. Mas o estado de guerra entre o nosso país e a Alemanha, impôs ao Pe. João deixar a Paróquia antes de concluir o seu intento. Substituiu-o o Pe. Ovídio Simon que realizou a obra.
A partir de 1954 passaram a tomar conta da nossa Paróquia os Frades Franciscanos Menores Conventuais. Frei Tarcísio Miotto, Frei Vittório Valentini, Frei Vittório Infantino, Frei Pio Populin ( que hoje ainda mora aqui ) e outros, dispensaram sua atenção e carinho para a nossa Matriz.
Em 1980 o então pároco Frei Angélico Manenti que corajosamente empreendeu a execução das mais ousadas obras de restauração do nosso tempo. Assim foi trocado todo o madeiramento superior apodrecido, decorando o interior da nave, restaurados os dois corredores laterais, substituído todo o reboco externo, o calçamento externo até a total pintura externa, só faltaram o novo relógio da torre e um novo conjunto de sinos, como aqueles outros que há anos, ecoavam harmoniosamente no céu ubatubense.
Nos anos 80 também foi construída a Igreja São Francisco de Assis, que fica ao lado do Lar Vicentino ( O Centro Catequético ).
Nos anos 90 mais precisamente no de 1995, com a chegada do Frei Ismael Stangherlin, a Igreja Matriz foi informatizada, sendo que consta em seu banco de dados registros de Batizados, Casamentos, alguns de Crisma, Dízimos, dados estes, colhidos no livros existentes desde 1917 e nos dias de hoje temos também a internet.
Desde 1998 está aqui como pároco, Frei Gastone Pozzobon e tem como ajudantes Frei Pio Populin, Frei Itacir Gasperin e Frei Lauro Diogo. Frei Gastone vem lutando para conseguir a reforma da nossa Igreja Matriz, mas fica muito caro e assim, muito difícil de conseguir. Em 01 de Maio de 1999 teve início a nova Diocese, agora em Caraguatatuba e com o primeiro bispo franciscano Dom Frei Fernando Mason, que nos idos anos 70 foi vigário em nossa Paróquia.
No dia 03 de Setembro de 2001, teve início a tão esperada reforma, por isso contamos com a ajuda de toda comunidade. Em fevereiro de 2002, Frei Itacir é transferido para Cascavel e chega Frei José, que nos idos dos anos 90 já esteve por aqui. Em 20 de Abril de 2002, foram ordenados 05 diáconos, sendo eles: Isaias, Nelson, Macedo, Castilho e Joel. Em fevereiro de 2003 Frei Lauro também é transferido e chega na Paróquia o Frei Aldo Pietrobon, vindo de Guaraniaçú – PR.
Também em janeiro de 2002, a capela Nossa Senhora de Fátima, no bairro do Ipiranguinha, passa ser Paróquia e começa a divisão das capelas. Em Maio de 2003 a capela são Benedito do bairro da Estufa, também passou a ser Paróquia e lá se vai mais capelas. Dia 28/07/2003 deu-se início da restauração dos altares laterais e o Altar-Mor teve que ser totalmente reconstruído. A restauração demorou seis meses para ser concluída, ficando pronta no dia 17/01/2004.
Neste ano de 2004, mais precisamente no mês de Março, a capela Imaculada Conceição do Perequê-Açú também passou a ser Paróquia e diminuindo ainda mais as nossas capelas, agora contamos apenas com 06 capelas, sendo elas: Itaguá, Enseada, Perequê-Mirim (praia e sertão), Lázaro e Rio Escuro.
Ainda neste ano de 2004, no mês de julho, a Igreja Matriz ganhou a pintura externa das paredes, portas e janelas, vindo de um benfeitor que prefere não ser identificado, mas ficamos imensamente agradecidos a ele por esse gesto, a Igreja estava mesmo precisando desta pintura.
Em Janeiro de 2005, frei Gastone Pozzobon deixa a direção da nossa Paróquia que por sete anos esteve à frente, levando adiante os projetos e passa-a para Frei Aldo Pietrobom. Frei Aldo já está procurando meios para consertar o telhado da Igreja, (entregou ao nosso governador Geraldo Alckmin no dia 26/03, uma carta pedindo ajuda), pois desde 1886 quando foi ali colocado não mais foi trocado e é de extrema prioridade.
Este resumo, até a altura dos anos 80, foi feito pelo Sr. Washington de Oliveira (o seu Filhinho como era conhecido) que no passado foi prefeito da cidade de Ubatuba por duas vezes e também escreveu alguns livros a respeito da cidade, do povo e documentário. O autor deste resumo infelizmente também já nos deixou, indo para mais perto do Nosso Pai (Nasc. 30/03/1906 – 19/01/2001) e desde então estamos tentando levar adiante esta obra.